Территория Карачаево-Черкесии в конце первого тысячелетия нашей эры входила в государство аланов, сохранились отдельные архитектурные памятники той поры: Зеленчукские, Сентинский, Шоанинский христианские храмы, городища. В XVI—XVIII век частично была под властью Крымского ханства. С первой половины XIX века (по русско-турецкому Адрианопольскому миру 1828) территория современной Карачаево-Черкесии входит в состав России как Баталпашинский отдел Кубанской области.

С 1918 года здесь устанавливается советская власть. С 1 апреля 1918 года территория была частью Кубанской Советской Республики, с 28 мая 1918 года — частью Кубано-Черноморской Советской Республики, с 5 июля по декабрь 1918 года — частью Северо-Кавказской Советской Республики, с 20 января 1921 года — частью Горской Автономной Советской Социалистической Республики.

12 января 1922 года образована Карачаево-Черкесская автономная область в составе Юго-Восточного (с 1924 года — Северо-Кавказского) края, с центром в станице Баталпашинской (переименованной затем в город Сулимов, Ежово-Черкесск и наконец получившей современное название Черкесск).

26 апреля 1926 года постановлением ВЦИК КЧАО разделена на Карачаевскую Автономную Область, Черкесский Национальный Округ, Баталпашинский и Зеленчукский районы.Указом Президиума Верховного Совета СССР Карачаевская автономная область ликвидирована 12 октября 1943 года, а карачаевцы были объявлены пособниками фашистских войск и 2 ноября 1943 года депортированы в Среднюю Азию и Казахстан. Южная часть Карачая отошла к Грузии (как Клухорский район), а бо́льшая часть была присоединена к Ставропольскому краю.

9 января 1957 года, в связи с реабилитацией карачаевцев и разрешением на их возвращение в родные края, была воссоздана КЧАО в границах 1943 года в составе Ставропольского края.30 ноября 1990 года КЧАО вышла из состава Ставропольского края и была провозглашена Карачаево-Черкесской Советской Социалистической Республикой (КЧССР) в составе[источник не указан 30 дней] РСФСР, что было утверждено постановлением Верховного Совета РСФСР от 3 июля 1991 года.

В 1989—1991 созванные национальными движениями съезды отдельных народов Карачаево-Черкесии стали обращаться к руководству РСФСР с просьбой о восстановлении или создании отдельных автономий. 28 марта 1992 года состоялся референдум, на котором (согласно официальным результатам, которые небезосновательно оспариваются многими) большинство населения Карачаево-Черкесии высказалось против разделения. Разделение узаконено не было, и осталась единая Карачаево-Черкесия, с 9 декабря 1992 года ставшая Карачаево-Черкесской Республикой.